กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน (อังกฤษ: Electron microscope) เป็นกล้องจุลทรรศน์แบบหนึ่งที่ใช้อิเล็กตรอนที่ถูกเร่งความเร็วเป็นแหล่งที่มาของการส่องสว่าง เนื่องจากอิเล็กตรอนมีความยาวคลื่นสั้นกว่าโฟตอนของแสงที่มนุษย์มองเห็นได้ถึง 100,000 เท่า กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนจึงมีกำลังขยายสูงกว่ากล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงและสามารถเปิดเผยให้เห็นโครงสร้างของวัตถุที่มีขนาดเล็กมากๆได้ กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่านสามารถให้รายละเอียดได้สูงถึง 50 picometre และมีกำลังการขยายได้ถึงประมาณ 10,000,000 เท่า ขณะที่ส่วนใหญ่ของกล้องจุลทรรศน์แบบแสงจะถูกจำกัดโดยเลี้ยวเบนของแสงที่ให้ความละเอียดประมาณ 200 นาโนเมตรและกำลังขยายที่ใชการได้ต่ำกว่า 2000 เท่า
กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่านใช้เลนส์ไฟฟ้าสถิตและแม่เหล็กไฟฟ้า (อังกฤษ: electrostatic and electromagnetic lenses) ในการควบคุมลำแสงอิเล็กตรอนและโฟกัสมันเพื่อสร้างเป้นภาพ เลนส์แสงอิเล็กตรอนเหล่านี้เปรียบเทียบได้กับเลนส์แก้วของกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงออปติคอล
กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนถูกนำไปใช้ในการตรวจสอบโครงสร้างขนาดเล็กมากๆของตัวอย่างทางชีวภาพและอนินทรีที่หลากหลายรวมทั้งจุลินทรีย์ เซลล์ชีวะ โมเลกุลขนาดใหญ่ ตัวอย่างชิ้นเนื้อ โลหะ และคริสตัล ด้านอุตสาหกรรมกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนมักจะใช้สำหรับการควบคุมคุณภาพและการวิเคราะห์ความล้มเหลว กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนที่ทันสมัยสามารถผลิตภาพถ่ายขนาดจิ๋วแบบอิเล็กตรอน (อังกฤษ: electron micrograph) โดยใช้กล้องดิจิตอลแบบพิเศษหรือ frame grabber (อุปกรณ์อิเล็กทรอนิกที่ใช้จับภาพนิ่งจากสัญญาณวิดีโอแอนะลอกหรือดิจิตอล) ในการจับภาพ
อ้างถึง Dennis Gabor ในปี 1928 นักฟิสิกส์ Le? Szil?rd ได้พยายามที่จะโน้มน้าวให้ Busch ทำการสร้างกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนตัวหนึ่งที่เขาจะได้ยื่นจดสิทธิบัตร
นักฟิสิกส์ชาวเยอรมัน Ernst Ruska และวิศวกรไฟฟ้า Max Knoll ได้สร้างกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนต้นแบบในปี 1931 มีกำลังการขยายสี่ร้อยเท่า อุปกรณ์นี้ได้สาธิตหลักการของกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนเป็นครั้งแรก อีกสองปีต่อมาในปี 1933 Ruska ได้สร้างกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนที่มีความคมชัดเกินกว่ากล้องจุลทรรศน์แบบแสงสามารถทำได้ นอกจากนี้ Reinhold Rudenberg ผู้อำนวยการทางวิทยาศาสตร์ของ Siemens-Schuckertwerke ได้รับสิทธิบัตรสำหรับกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนในเดือนพฤษภาคม 1931
ในปี 1932 Ernst Lubcke แห่ง Siemens & Halske ได้สร้างภาพออกมาได้จากกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนต้นแบบ เป็นการประยุกต์ใช้แนวคิดที่ได้อธิบายเอาไว้ในการยื่นขอจดสิทธิบัตรของ Rudenberg ห้าปีต่อมา (1937) บริษัทได้ให้ทุนกับงานของ Ernst Ruska และ Bodo von Borries และว่าจ้าง Helmut Ruska (น้องชายเอิร์นส์) ในการพัฒนาแอปพลิเคชันสำหรับกล้องจุลทรรศน์โดยเฉพาะอย่างยิ่งกับตัวอย่างทางชีวภาพ เช่นกันในปี 1937 Manfred von Ardenne ได้บุกเบิกกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราด (อังกฤษ: scanning electron microscope (SEM)) กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน"ในทางปฏิบัติ"ตัวแรกถูกสร้างขึ้นในปี 1938 ที่มหาวิทยาลัยโตรอนโตโดย Eli Franklin Burton และนักเรียน Cecil Hall James Hillier และ Albert Prebus จากนั้นซีเมนส์ได้ผลิตกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่าน (TEM) เชิงพาณิชย์ตัวแรกในปี 1939 แม้กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนร่วมสมัยมีกำลังการขยายถึงสองล้านเท่าก็ตาม ในฐานะที่เป็นเครื่องมือทางวิทยาศาสตร์ พวกมันยังคงขึ้นอยู่กับต้นแบบของ Ruska
กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่าน (TEM) เป็นรูปแบบเดิมของกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน มันใช้ลำแสงอิเล็กตรอนไฟฟ้าแรงสูงในการสร้างภาพ ลำแสงอิเล็กตรอนถูกผลิตโดยปืนอิเล็กตรอนที่ทั่วไปแล้วได้ติดตั้งแคโทดที่มีไส้หลอดเป็นทังสเตนเพื่อเป็นแหล่งที่มาของอิเล็กตรอน ลำแสงอิเล็กตรอนถูกเร่งความเร็วโดยขั้วบวกปกติที่ 100 กิโลอิเล็กตรอนโวลท์ (kev) (40-400 kev) เมื่อเทียบกับแคโทด จากนั้นลำแสงจะถูกโฟกัสโดยเลนส์ไฟฟ้าสถิตและคลื่นแม่เหล็กไฟฟ้าและส่องผ่านชิ้นงานที่มีบางส่วนที่โปร่งใสกับอิเล็กตรอนและบางส่วนกระจายลำแสงออกไป เมื่อลำแสงอิเล็กตรอนผ่านพ้นออกมาจากชิ้นงานมันจะเก็บข้อมูลเกี่ยวกับโครงสร้างของชิ้นงานออกมาด้วยซึ่งจะมีการขยายโดยระบบเลนส์วัตถุประสงค์ (อังกฤษ: objective lens) ของกล้องจุลทรรศน์นั้น การเปลี่ยนแปลงเชิงพื้นที่ในข้อมูลนี้ ("ภาพ") อาจสามารถดูได้โดยฉายภาพอิเล็กตรอนที่ถูกขยายแล้วนี้ลงบนหน้าจอดูเรืองแสงที่เคลือบด้วยวัสดุสารเรืองแสงหรือ scintillator เช่นสังกะสีซัลไฟด์ หรืออีกทางเลือกหนึ่งภาพสามารถถูกบันทึกได้แบบการถ่ายรูปโดยฉายแสงอิเล็กตรอนโดยตรงลงบนแผ่นฟิล์มถ่ายรูป หรือสารเรืองแสงความละเอียดสูงอาจต่อเข้ากับตัวรับแสงของกล้องถ่ายรูปที่ใช้ CCD (อุปกรณ์ถ่ายเทประจุ) ด้วยระบบเลนส์ออปติคอลหรือตัวนำแสงแบบใยแก้ว ภาพที่จับได้โดย CCD อาจจะแสดงบนหน้าจอคอมพิวเตอร์
ความละเอียดของ TEM ถูกจำกัดเป็นส่วนใหญ่โดยความผิดปกติแบบทรงกลม (อังกฤษ: spherical aberration) (การหักเหของแสงตามขอบเลนส์) แต่รุ่นใหม่ของตัวแก้ความผิดปกติสามารถเอาชนะการผิดปกติแบบทรงกลมเหล่านั้นได้เพื่อเพิ่มความละเอียด การแก้ไขด้วยฮาร์ดแวร์ของความผิดปกติแบบทรงกลมสำหรับกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนความละเอียดสูงแบบส่องผ่าน (อังกฤษ: high-resolution transmission electron microscopy (HRTEM)) สามารถผลิตภาพที่มีความละเอียดต่ำกว่า 0.5 อังสตรอม (50 picometres) และกำลังขยายสูงกว่า 50 ล้านเท่า ความสามารถในการกำหนดตำแหน่งของอะตอมภายในวัสดุได้ทำให้ HRTEM เป็นเครื่องมือสำคัญสำหรับการวิจัยและการพัฒนาด้านนาโนเทคโนโลยี
โหมดที่สำคัญของการใช้ TEM คือการเลี้ยวเบนของอิเล็กตรอน (อังกฤษ: electron diffraction) ข้อดีของการเลี้ยวเบนของอิเล็กตรอนที่เหนือกว่าเทคนิคของผลึกวิทยา (อังกฤษ: X-ray crystallography) อยู่ที่ชิ้นงานไม่จำเป็นต้องเป็นผลึกเดี่ยวหรือแม้กระทั่งเป็นผงผลึก (อังกฤษ: polycrystalline powder) และนอกจากนี้การฟื้นฟูโครงสร้างด้วยการแปลงแบบฟูริเยร์ (อังกฤษ: Fourier transform reconstruction) ของโครงสร้างที่ถูกขยายแล้วของวัตถุจะเกิดขึ้นทางกายภาพ จึงหลีกเลี่ยงความจำเป็นสำหรับการแก้ปัญหาแบบเฟส (อังกฤษ: phase problem) ที่ต้องเผชิญกับ X-ray crystallographers หลังจากได้รับรูปแบบ X-ray diffraction ของผลึกเดี่ยวหรือผงผลึกของพวกมัน ข้อเสียที่สำคัญของกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่านคือความจำเป็นสำหรับตัวอย่างที่ต้องใช้ส่วนที่บางมากโดยทั่วไปประมาณ 100 นาโนเมตร ตัวอย่างทางชีวภาพโดยทั่วไปจะต้องคงที่ทางเคมี แห้งและถูกฝังตัวอยู่ในเรซินลิเมอร์เพื่อรักษาเสถียรภาพของพวกมันให้พอที่จะยอมให้ตัดเซ็กชั่นอย่างบางเฉียบได้ เซ็กชั่นของตัวอย่างทางชีวภาพ โพลิเมอร์อินทรีย์และวัสดุที่คล้ายกันอาจจะต้องการการดูแลเป็นพิเศษด้วยป้ายชื่ออะตอมหนักเพื่อให้ได้ความคมชัดของภาพตามที่ต้องการ
ไม่เหมือนกับแบบ TEM ที่อิเล็กตรอนของลำแสงไฟฟ้าแรงสูงจะเก็บภาพของชิ้นงาน, ลำแสงอิเล็กตรอนของกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราด (SEM) ไม่ได้เก็บภาพที่สมบูรณ์ของชิ้นงานได้ตลอดเวลา SEM จะผลิตภาพโดยตรวจสอบชิ้นงานโดยใช้ลำแสงอิเล็กตรอนที่โฟกัสให้กราด(สแกน)ไปทั่วพื้นที่สี่เหลี่ยมของชิ้นงาน (เหมือนการสแกนจอภาพ CRT (อังกฤษ: raster scan)) เมื่อลำแสงอิเล็กตรอนมีปฏิสัมพันธ์กับชิ้นงาน มันจะสูญเสียพลังงานตามความหลากหลายของกลไก พลังงานที่หายไปจะถูกแปลงเป็นรูปแบบทางเลือกอื่นเช่นความร้อน การปล่อยอิเล็กตรอนทุติยภูมิพลังงานต่ำและอิเล็กตรอนสะท้อนกลับพลังงานสูง การปล่อยแสง (cathodoluminescence) หรือการเปล่งรังสีเอกซ์ พลังงานทั้งหมดเหล่านี้เป็นสัญญาณของข้อมูลเกี่ยวกับคุณสมบัติของพื้นผิวของชิ้นงาน เช่นรูปร่างและองค์ประกอบของมัน ภาพที่แสดงโดย SEM จะแปลความเข้มที่แตกต่างใดๆของสัญญาณเหล่านี้ให้เป็นภาพที่อยู่ในตำแหน่งที่สอดคล้องกับตำแหน่งของลำแสงบนชิ้นงานตอนที่สัญญาณถูกสร้างขึ้น ในภาพ SEM ของมดที่แสดงทางด้านขวา ภาพถูกสร้างขึ้นมาจากสัญญาณที่ผลิตโดยเครื่องตรวจจับอิเล็กตรอนทุติยภูมิซึ่งเป็นโหมดการสร้างภาพปกติหรือทั่วไปใน SEMs ส่วนใหญ่
โดยทั่วไปความละเอียดของภาพจาก SEM มีความคมชัดด้อยกว่าของ TEM อย่างไรก็ตามเนื่องจากภาพ SEM เป็นกระบวนการที่เกิดบนพื้นผิวมากกว่าการส่องผ่าน มันจึงสามารถที่จะสร้างภาพตัวอย่างที่เป็นกลุ่มได้ในขนาดหลายเซนติเมตรขึ้นไปและ (ขึ้นอยู่กับการออกแบบและการตั้งค่าของเครื่องมือ) มีความลึกของสนามที่สูง ดังนั้นมันจึงสามารถผลิตภาพที่มีการแสดงที่ดีของรูปทรงสามมิติของกลุ่มตัวอย่าง ประโยชน์ของ SEM อีกประการหนึ่งคือความหลากหลายของมันที่เรียกว่ากล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราดสิ่งแวดล้อม (อังกฤษ: environmental scanning electron microscope (Esem)) ที่สามารถผลิตภาพที่มีคุณภาพและความละเอียดเพียงพอสำหรับกลุ่มตัวอย่างที่เปียกหรือถูกเก็บอยู่ในสูญญากาศหรือก๊าซต่ำ อุปกรณ์นี้จะช่วยอำนวยความสะดวกในการถ่ายภาพตัวอย่างทางชีวภาพที่มีความไม่แน่นอนในสูญญากาศสูงของกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบเดิม
ในคอนฟิกูเลชั่นที่พบมากที่สุดของพวกมันกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนผลิตภาพที่มีค่าความสว่างเดียวต่อพิกเซลโดยผลลัพธ์ที่ได้แสดงผลมักจะอยู่ในระดับสีเทา อย่างไรก็ตามบ่อยครั้งที่ภาพเหล่านี้จะทำเป็นสีโดยใช้ซอฟแวร์ที่มีการตรวจสอบคุณลักษณะหรือง่ายๆเพียงแค่ใช้มือด้วยโปรแกรมแก้ไขภาพกราฟิก วิธีนี้มักจะทำเพื่อความสวยงามหรือสำหรับการอธิบายโครงสร้างและโดยทั่วไปก็ไม่ได้เพิ่มข้อมูลใดๆเกี่ยวกับตัวอย่าง
ในบางคอนฟิกูเลชั่นข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับคุณสมบัติของชิ้นงานถูกรวบรวมต่อพิกเซล ปกติโดยใช้เครื่องตรวจจับหลายชั้น ใน SEM คุณลักษณะของรูปร่างและความคมชัดแบบวัสดุสามารถสร้างภาพได้โดยใช้เครื่องตรวจจับอิเล็กตรอนสะท้อนกลับหนึ่งคู่และคุณลักษณะดังกล่าวสามารถซ้อนทับในภาพสีภาพเดียวโดยกำหนดสีหลักที่แตกต่างกันไปแต่ละคุณลักษณะ ในทำนองเดียวกันการรวมกันของสัญญาณอิเล็กตรอนสะท้อนกลับและทุติยภูมิสามารถกำหนดให้มีสีที่แตกต่างกันและซ้อนทับกันบน Micrograph สีเดียวที่แสดงคุณสมบัติของชิ้นงานพร้อมกัน
ในวิธีการที่คล้ายกัน อิเล็กตรอนทุติยภูมิและเครื่องตรวจจับอิเล็กตรอนสะท้อนกลับมีการซ้อนทับกันและสีหนึ่งได้ถูกกำหนดให้ในแต่ละภาพที่จับได้โดยแต่ละเครื่องตรวจจับ ทำให้ได้ผลในตอนท้ายเป็นภาพสีผสมที่สีทั้งหลายมีความสัมพันธ์กับความหนาแน่นของส่วนประกอบต่างๆ วิธีการนี้เป็นที่รู้จักกันว่าเป็น SEM แบบมีสีที่ขึ้นอยู่กับความหนาแน่น (อังกฤษ: Density-dependent colour SEM (DDC-SEM)) ภาพ micrograph ที่ผลิตโดย DDC-SEM จะเก็บข้อมูลรูปร่าง(ซึ่งถูกจับได้ดีกว่าที่จับได้โดยต้วตรวจจับอิเล็กตรอนทุติยภูมิและผสมเข้าด้วยกันกับข้อมูลเกี่ยวกับความหนาแน่น)ที่ได้รับจากเครื่องตรวจจับอิเล็กตรอนสะท้อนกลับ
บางชนิดของตัวตรวจจับที่ใช้ใน SEM มีความสามารถในการวิเคราะห์และสามารถให้ข้อมูลหลายรายการในแต่ละพิกเซล ตัวอย่างเช่นตัวตรวจจับในเครื่องเอกซ์เรย์สเปกโตรสโคปีแบบพลังงานกระจาย (อังกฤษ: Energy-dispersive X-ray spectroscopy (EDS)) ที่ใช้ในการวิเคราะห์ธาตุและระบบกล้องจุลทรรศน์แบบเปล่งแสงด้วยคาโทด (อังกฤษ: Cathodoluminescence microscope (CL)) ที่วิเคราะห์ความเข้มข้นและสเปกตรัมของการเปล่งแสงที่เกิดขึ้นจากอิเล็กตรอน (อังกฤษ: electron-induced luminescence) ใน (ตัวอย่างเช่น) ชิ้นตัวอย่างทางธรณีวิทยา ในระบบ SEM การใช้ตัวตรวจจับเหล่านี้มันเป็นเรื่องธรรมดาที่จะให้รหัสสีกับสัญญาณทั้ได้และซ้อนทับพวกมันออกกมาเป็นนภาพสีภาพเดียวเพื่อที่ว่าความแตกต่างทั้งหลายในการกระจายของส่วนประกอบต่างๆของชิ้นงานสามารถมองเห็นได้อย่างชัดเจนและสามารถเทียบกันได้ เพื่อเป็นทางเลือก ภาพอิเล็กตรอนทุติยภูมิมาตรฐานสามารถถูกรวมเข้ากับช่องทางแบบองค์ประกอบ (อังกฤษ: compositional channel) หนึ่งช่องทางหรือมากกว่าเพื่อให้โครงสร้างของชิ้นงานและองค์ประกอบสามารถนำมาเปรียบเทียบกันได้ ภาพดังกล่าวสามารถถูกทำขึ้นในขณะที่มีการรักษาความสมบูรณ์เต็มรูปแบบของสัญญาณเดิมซึ่งไม่ได้ถูกแก้ไขในทางใดทางหนึ่ง
ในกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบสะท้อน (อังกฤษ: Reflection electron microscope (REM)) เช่นเดียวกับใน TEM ลำแสงอิเล็กตรอนตกลงบนพื้นผิว แต่แทนที่จะใช้การส่องผ่าน (ใน TEM) หรืออิเล็กตรอนทุติยภูมิ (ใน SEM) ลำแสงที่สะท้อนของอิเล็กตรอนที่กระจายอย่างยืดหยุ่นจะถูกตรวจพบ เทคนิคนี้จะมักจะเชื่อมต่อเข้ากับการเลี้ยวเบนของอิเล็กตรอนพลังงานสูงสะท้อน (อังกฤษ: reflection high energy electron diffraction (RHEED)) และเครื่องสเปกโทรสโกปีแบบสะท้อนการสูญเสียพลังงานสูง (อังกฤษ: reflection high-energy loss spectroscopy (RHELS)) การแปรเปลี่ยนอีกประการหนึ่งคือกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนพลังงานต่ำแบบขั้วหมุน (อังกฤษ: spin-polarized low-energy electron microscopy (SPLEEM)) ซึ่งจะใช้สำหรับการมองหาจุลภาคของโดเมนแม่เหล็ก
บทความหลัก: กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่านและส่องกราด เครื่อง STEM นี้จะสแกนลำแสงที่โฟกัสแล้วให้ตกกระทบทั่วชิ้นงาน (เช่นเดียวกับ TEM) ชิ้นงานจะถูกทำให้บางเพื่ออำนวยความสะดวกในการตรวจจับอิเล็กตรอนที่กระจาย"ผ่าน"ชิ้นงาน ความละเอียดสูงของ TEM จึงสามารถเป็นไปได้ใน STEM การดำเนินการ (และความผิดปรกติ) จากการโฟกัสจะเกิดขึ้นก่อนที่อิเล็กตรอนจะกระทบชิ้นงานใน STEM แต่ใน TEM จะเกิดทีหลัง STEM จะใช้การสแกนลำแสงเหมือนกับ SEM เพื่อลดความยุ่งยากในการถ่ายภาพเป็นรูปวงแหวนสนามมืด (อังกฤษ: annular dark-field imaging) (ซึ่งเป็นเทคนิคการวิเคราะห์อีกอันหนึ่ง) แต่ยังหมายถึงว่าข้อมูลภาพจำเป็นต้องอยู่ในรูปอนุกรมมากกว่าอยู่ในรูปขนาน บ่อยครั้งที่ TEM สามารถถูกติดตั้งด้วยตัวเลือกการสแกน มันจึงสามารถทำงานได้ทั้งแบบ TEM และ STEM
วัสดุที่จะดูด้วยกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนอาจจำเป็นต้องผ่านกระบวนการเพื่อผลิตเป็นตัวอย่างชิ้นงานที่เหมาะสม เทคนิคที่จำเป็นจะแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับชิ้นงานและการวิเคราะห์ที่จำเป็น ได้แก่:
กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนมีราคาแพงในการสร้างและบำรุงรักษา แต่เงินทุนและค่าใช้จ่ายในการดำเนินงานของกล้องจุลทรรศน์ระบบแสงจุดโฟกัสร่วมในเวลานี้จะคาบเกี่ยวกับบรรดาของกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนพื้นฐาน กล้องจุลทรรศน์ที่ออกแบบเพื่อให้บรรลุความละเอียดสูงจะต้องติดตั้งอยู่ในอาคารที่มั่นคง (บางครั้งใต้ดิน) ที่มีบริการพิเศษเช่นระบบกำจัดสนามแม่เหล็ก
ชิ้นตัวอย่างส่วนใหญ่จะต้องมีการส่องดูในสูญญากาศเนื่องจากโมเลกุลที่ทำอากาศขึ้นจะกระจายอิเล็กตรอน ข้อยกเว้นเดียวสำหรับกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราดสิ่งแวดล้อมซึ่งยอมให้ตัวอย่างที่ผ่านการชุ่มน้ำสามารถส่องดูได้ในสภาพแวดล้อมที่เปียกแรงดันต่ำ (ไม่เกิน 20 Torr หรือ 2.7 ปาสคาล)
กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราดที่ทำงานในโหมดสูญญากาศสูงธรรมดามักจะสร้างภาพชิ้นงานที่เป็นตัวนำไฟฟ้า ดังนั้นวัสดุที่ไม่นำไฟฟ้าจึงต้องเคลือบด้วยสารตัวนำ (ทอง/โลหะผสมแพลเลเดียม คาร์บอน ออสเมียม ฯลฯ) โหมดแรงดันต่ำของกล้องจุลทรรศน์ที่ทันสมัยทำให้เป็นไปได้ในการการสังเกตชิ้นงานที่ไม่นำไฟฟ้าโดยไม่ต้องเคลือบ วัสดุที่ไม่นำไฟฟ้าสามารถถ่ายภาพโดยกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราดแบบความดันแปร (หรือแบบสิ่งแวดล้อม)
ชิ้นตัวอย่างขนาดเล็กและมีความเสถียรเช่นท่อคาร์บอนนาโน เปลือกไดอะตอม (อังกฤษ: diatom frustules) และผลึกแร่ขนาดเล็ก (เช่นแร่ใยหิน) ไม่จำเป็นต้องมีการดูแลเป็นพิเศษก่อนที่จะมีการตรวจสอบในกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน ตัวอย่างของวัสดุไฮเดรทรวมทั้งเกือบทั้งหมดของตัวอย่างทางชีวภาพจะต้องมีการจัดเตรียมในรูปแบบต่างๆเพื่อสร้างเสถียรภาพให้กับพวกมัน ลดความหนาของพวกมัน (ทำเซ็กชั่นให้บางเฉียบ) และเพิ่มความคมชัดด้านอิเล็กตรอนออปติคอล (ย้อมสี) กระบวนการเหล่านี้อาจส่งผลให้เกิด"สิ่งแปลกปลอม" แต่มักจะสามารถระบุได้โดยเปรียบเทียบผลลัพธ์ที่ได้โดยใช้วิธีการเตรียมชิ้นงานหลายๆอย่างที่แตกต่างกันอย่างสิ้นเชิง นักวิทยาศาสตร์ที่ทำงานในสนามโดยทั่วไปเชื่อว่าผลลัพธ์จากเทคนิคการเตรียมการที่หลากหลายต่างๆจะถูกนำมาเปรียบเทียบและไม่มีเหตุผลที่พวกมันจะผลิตสิ่งแปลกปลอมที่คล้ายกันและมันมีเหตุผลที่เชื่อได้ว่าคุณสมบัติกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนสอดคล้องกับบรรดาคุณสมบัติของเซลล์ทั้งหลายที่มีชีวิต ตั้งแต่ปี 1980s การวิเคราะห์ของชิ้นตัวอย่างที่มีการเตรียมแบบเย็นยิ่งยวดจนกลายเป็นแก้วยังได้กลายเป็นที่ใช้มากขึ้นโดยนักวิทยาศาสตร์ ยืนยันมากขึ้นถึงความถูกต้องของเทคนิคนี้
